남방의과대학(Southern Medical University)의 전신인 중국인민해방군 제1군의학교(中國人民解放軍第一軍醫大學)는 1951년에 개교하였고 1979년 전국중점대학으로 확정되었다. 2004년 8월 광둥(廣東)성으로 이관되어 남방의과대학으로 이름을 바꾸었다. 광둥성의 수준 높은 대학교 건설 프로젝트 중 유일한 의과대학교이고 광둥성 유일한 대학 중 유일한 교육부, 국가위생건강위원회와 광둥성 함께 건설하는 대학교이다.
학교는 국무원이 처음으로 승인한 석사학위 수여권을 가진 단위이고, 국무원이 세 번째로 승인한 박사학위 수여권을 가진 대학교이다. 현재 학교는 의학을 주제로 하여 이학, 공학, 법학, 관리학, 교육학 등 학제간 조화롭게 발전하는 비교적 완전한 학위 수여권 체계를 갖추고 있다.
유학생 교육은 1999년에 시작하여 중국인민해방군의 대외원조 단기 프로그램 교육을 주로 담당하였다. 유학생 교육은 10여 년간 비약적으로 발전했다. 2005년부터 학부 임상의학과(전영문 수업) 유학생을 모집하기 시작하여 2015년 11월까지 재학생 수가 1,200명에 이른다.
